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　　The boarding house residents felt something strange in their residence. Rumors circulated that the cheap boarding house asked for a sacrifice in the form of someone's life. One of the apparitions they often saw was a terrifying pocong.

　　保护地球、维护和平，奥特曼对于地球人来说曾经是神一样的存在，但是近几十年，他却消失不见行踪成谜……随之取替他的是钢铁飞龙精锐小分队——隶属于GSB地球安全保卫组织。而GSB近期不断收到地球能源异常报告，全球各地纷纷出现巨大灾难。GSB组织派出钢铁飞龙，查明能源异常原因，却意外发现事件与奥特曼有关系……新旧两代地球守护者的意外相见，却成为你死我活的敌对双方。到底，这是一场意外还是一场阴谋，是谁看到了最后的事实真相？

 以成为神奇宝贝大师为目标，小智（松本梨香 配音）、小刚（うえだゆうじ 配音）和小光（豊口めぐみ 配音）带着各自的神奇宝贝在世界各地进行艰苦的修业之旅，今天他们历经长途跋涉终于来到了风景秀美的米琪亚镇。在当地一对小兄妹的介绍下，小智一行前往神殿遗址游玩。谁知却遭遇了极其危险的情况。关键时刻，掌管时间的迪亚鲁加和守卫神殿的西娜（北乃きい 配音）、凯宾（岸祐二 配音）帮助了他们，能与神奇宝贝心灵沟通的西娜还熄灭了冥王龙的怒火。从西娜口中得知，创造了世界的神奇宝贝即将苏醒，它不仅会使时空扭曲错乱，还将为世界带来毁灭性的灾难…… 本片为神奇宝贝系列第十二部电影剧场版。